Но третья, трехмерная часть Duke Nukem не стала очередным клоном Doom, она составила достойную конкуренцию вышедшему в тоже время, технически более совершенному, Quake и привнесла в игровую индустрию столько нововведений и неожиданных решений, что теперь по праву может оспорить звание прародителя многих современных шутеров (например, Half-Life и Half-Life 2).

Дюк Нюкем англ. Duke Nukem — специальный агент правительства США, брутальный и насмешливый action hero, внешностью напоминающий Арнольда Шварценеггера. В целом - один из самых колоритных героев компьютерных игр. По ходу действия может шутить и даже переругиваться с игроком. Реплики из игры быстро разошлись на цитаты.

Сюжет игры прост и незатейлив. На Землю нападают пришельцы с целью её поработить. Дюк приходит на борьбу с ними. Баталии будут происходить во многих живописных местах, начиная от улиц Лос-Анджелеса и заканчивая инопланетной базой захватчиков где-то на Луне.

* Мощная правая и левая нога. Левой ногой можно «воспользоваться» и при применении другого оружия, до этого подобного в жанре не наблюдалось. Забавен тот факт, что в ранних версиях игры можно было атаковать противника обеими ногами одновременно.
* Пистолет (Pistol). Автоматический, внешне напоминает «Глок». В дальнейшем подобную модель можно обнаружить в «Half-Life».
* Дробовик (Shotgun) — мощное и красивое оружие. От расстояния мощность выстрела почти не зависит, разлёт картечи ближе к реальному (в других играх это всегда было главным ограничением на использование)
* Пулемёт (Chaingun) — скорострельное, но слабое оружие.
* РПГ (RPG) — одно из самых мощных орудий, переносная ракетная установка.
* Радиоуправляемая граната (Pipe Bomb) — после броска в руке Дюка появляется детонатор. После активации граната взрывается. Впоследствии идея со взрывчаткой перекочевала в «Half-Life».
* Мины с лазерными сенсорами (Laser Trip Bomb) — мины, активирующиеся при приближении врага. Эта идея также перешла в «Half-Life».
* «Уменьшитель» (Shrinker) — уменьшает врага, после чего игрок может убить его пинком.
* «Увеличитель» (Expander) — увеличивает врага, разрывая его в клочья. Появился в версии 1.4.
* «Замораживатель» (Freezethrower) — замораживает врага, после чего его также можно убить пинком.
* Разрушитель (Devastator) — подобие небольших скорострельных ракетных установок, из которых стреляют с двух рук.

Наиболее распространенными версиями Duke Nukem 3d являются:

* Shareware — содержит один из трех эпизодов, доступных в полной версии игры и имеет ограниченный набор вооружений (нет наиболее оригинальных и замысловатых орудий, вроде «замораживателя» или «уменьшителя»). Несмотря на ознакомительный статус, стоит отметить, что доступный эпизод «L. A. Meltdown» является одним из самых запоминающихся по архитектуре и построению уровней. Многие игроки начинали знакомство с «Duke Nukem 3d» именно с shareware версии.
* 1.3d — Полная версия игры. Содержит 3 эпизода: «L. A. Meltdown», «Lunar Apocalypse» и «Shrapnel City» и предлагает полный набор вооружений.
* Atomic Edition — Расширенная версия игры, которая содержит дополнительный четвёртый эпизод «The Birth», дополнительное оружие «Увеличитель» и новых врагов — существ, похожих на монстров из фильмов про «Чужих» («The Aliens»).

Кроме этого к игре сторонними компаниями и энтузиастами создано несколько модификаций, наиболее известными из которых являются:

* «Nuclear Winter» — игра вышла в канун Рождественских праздников и обладает соответствующей «спецификой», вроде рождественских нарядов на врагах, злых снеговиков и злых эльфов в качестве противников, и Санта Клауса как главного злодея.
* «Duke it out in D.C.» — модификация, в которой предстоит побывать в округе Колумбия, штат США, и спасти президента от злобных инопланетных захватчиков. Действие происходит и в Белом доме, и в подвалах Пентагона, и даже в здании ФБР.
* «Caribbean — Life’s a Beach» — Duke Nukem в отпуске. Летняя тематика, новые уровни, новые звуки, новое оружие.

При запуске игры на современных компьютерах возникают проблемы, из-за того что она создавалась под MS-DOS, поэтому на других системах могут возникнуть проблемы с изображением, звуком и скоростью работы.

Чтобы решить подобные проблемы, энтузиастами создаются так называемые 3d или GL порты игры, то есть программы, написанные с использованием открытого разработчиками кода игры, запускающие рендеринг или обработку текстур под аппаратными средствами (Direct 3D или OpenGL). В итоге получаются запредельные для старых игр разрешения, вроде 1600*1200, добавление красочных эффектов в виде освещения, текстурирования, шейдеров и других возможностей современных графических карт.

Самым известным и качественным примером подобной технологии для Duke Nukem 3d является JonoF’s Duke Nukem 3D Port — качественный порт игры на основе усовершенствованного движка Build. Поддерживает запуск под OpenGL в разрешении вплоть до 1280*1024, позволяет запускать игру под Windows XP, решает проблемы со звуком. Благодаря поддержке 3d моделей из Quake III и текстур высоких разрешений игру можно преобразить кардинально. Например, уже создан Duke Nukem 3D high resolution pack, при использовании которого игра становится по визуальному исполнению на уровне Quake 3. Порт работает на всех версиях игры.

Хотя движок игры открыт для модификации, файлы данных (конечно же, за исключением shareware-версии L.A. Meltdown) всё ещё являются платными.